氣相色譜儀是以氣體作為流動相（載氣）。當樣品由微量注射器“注射”進入進樣器后，被載氣攜帶進入填充柱或毛細管色譜柱。由于樣品中各組分在色譜柱中的流動相（氣相）和固定相（液相或固相）間分配或吸附系數的差異，在載氣的沖洗下，各組分在兩相間作反復多次分配使各組分在柱中得到分離，然后用接在柱后的檢測器根據組分的物理化學特性將各組分按順序檢測出來。

色譜柱污染會出現哪些現象：

1.如果色譜柱是毛細柱，則將進樣口端截去15cm左右；如果是填充柱，卸下進樣口端，檢查填充柱內的石英棉是否有明顯污染的痕跡。色譜柱檢查完后進行高溫老化，溫度設定在高于使用溫度30～50℃以上，如果超出允許使用溫度，則設定在最高使用溫度以下10℃。設定合適的程序升溫方法，老化3～5個小時。進樣口清洗后污染仍然不能解決，可以使用溶劑清洗色譜柱的方法。因為溶劑清洗色譜柱需要專用工具，操作也不簡單，有條件的話更換一根正常的色譜柱也是快速排除色譜柱是否污染的方法。

2.更換新的進樣墊、氣化襯管，進樣口溫度升高30～50℃。分析樣品后如果仍出現相同的雜峰，進行下一步。